Le nouveau coronavirus de chauve-souris partage une fonctionnalité qui a aidé Covid-19 à infecter les humains

Le SRAS-CoV-2, à l'origine du covid-19, n'est pas le seul coronavirus au monde que nous devrions surveiller. Les scientifiques semblent avoir découvert une nouvelle branche de coronavirus chez les chauves-souris brésiliennes qui pourrait posséder les outils nécessaires pour se propager et infecter les humains.

Une grande équipe de chercheurs au Japon et au Brésil a identifié une éventuelle menace zoonotique dans une étude préliminaire publiée la semaine dernière. Le parent viral semble être génétiquement distinct des autres coronavirus, mais partage une caractéristique avec le SRAS-CoV-2 qui pourrait permettre à son espèce d'infecter les cellules humaines. Les résultats suggèrent qu’il existe de nombreux coronavirus indigènes de chauves-souris dans la nature, susceptibles de provoquer de nouvelles épidémies chez l’homme.

« La grande diversité des virus chez les chauves-souris les positionne donc comme un groupe taxonomique clé pour la surveillance des maladies zoonotiques », concluent les auteurs. a écrit dans leur article, présenté en prépublication sur le site bioRxiv.

Une similitude clé

Même avant l’émergence du Covid-19, il y a plus de cinq ans, les scientifiques s’inquiétaient du fait que les coronavirus seraient à l’origine de la prochaine grande pandémie. Le SRAS-CoV-2, son ancêtre le SRAS-CoV et le MERS-CoV sont des coronavirus qui sont devenus des agents pathogènes pour l’homme au cours des deux dernières décennies ; tous les trois appartiennent au genre bêtacoronavirus.

Cependant, selon les chercheurs de l’étude, presque tout ce que nous savons sur la diversité de ce genre est basé sur des données collectées en Asie, en Afrique et au Moyen-Orient, avec peu de séquençage génétique de ces virus dans les Amériques.

Pour aider à combler cette lacune dans les connaissances, l'équipe a analysé des échantillons de tissus intestinaux prélevés sur 70 chauves-souris dans trois sites à travers le Brésil entre mai et août 2019. Ils ont trouvé le nouveau virus chez une chauve-souris à moustache de Parnell (Pteronotus parnellii) et a complètement séquencé son génome.

D’après leur analyse, le virus – qu’ils ont baptisé BRZ batCoV – est suffisamment différent génétiquement pour représenter un sous-genre jusqu’alors inconnu du bêtacoronavirus. Jusqu'à présent, cinq sous-genres avaient été identifiés.

Mais le virus semble également avoir quelque chose d’important en commun avec le SRAS-CoV-2 : un site de clivage de la furine (FCS) fonctionnel à la jonction S1/S2 de sa protéine de pointe. En fait, le FCS du BRZ batCoV n’est différent que d’un seul acide aminé par rapport à celui du SARS-CoV-2.

À quel point devrions-nous nous inquiéter ?

Le FCS du SRAS-CoV-2 est l’une des caractéristiques qui l’aident à infecter les humains. Trouver quelque chose de très similaire dans ce nouveau virus est donc certainement troublant. Les chercheurs notent également que d'autres bêtacoronavirus de chauve-souris sont connus pour avoir un FCS au même endroit, ce qui suggère qu'il est relativement facile pour cette fonctionnalité d'apparaître dans ces virus.

Un autre aspect inquiétant est que, étant donné qu'il y a si peu de surveillance au Brésil et dans d'autres régions des Amériques, il est plus que possible que le BRZ batCoV et des virus similaires circulent sous notre nez depuis un certain temps.

La nouvelle recherche n’a pas encore été publiée dans une revue à comité de lecture, ce qui constitue un élément essentiel de l’examen de toute nouvelle étude. Les chercheurs soulignent également qu’ils n’ont pas directement examiné le pouvoir infectieux du BRZ batCoV, une mise en garde qui limite ce que nous pouvons savoir sur son risque pour les humains.

« Par conséquent, bien que la présence d’un FCS soit clairement significative, toute discussion sur le potentiel zoonotique de ce virus devrait être limitée », ont-ils écrit.

Cela dit, ce type de recherche doit être considéré comme un signal d’alarme précoce. Si les origines du SRAS-CoV-2 font encore débat, même si la plupart des virologues sont dans le camp naturel – de nombreuses maladies humaines commencent par des germes zoonotiques qui réussissent à passer des animaux aux humains (par exemple, le SRAS d'origine). Les chauves-souris et les virus qu'elles transportent sont l'un des principaux suspects responsables de la prochaine grande pandémie, et il est urgent de mieux suivre ce qui existe, disent les chercheurs.

« Notre étude permet de mieux comprendre la diversité phylogénétique et fonctionnelle des coronavirus de chauve-souris ainsi que leur potentiel zoonotique », ont-ils écrit.