Une méthode de test ADN commune a un taux de faux positifs élevé pour les mutations rares, selon une étude

Les tests ADN des consommateurs restent une industrie en plein essor, mais de nouvelles recherches publiées lundi suggèrent qu’il présente un défaut flagrant dans son pouvoir prédictif. Les résultats indiquent qu’une méthode de test courante utilisée par de nombreuses entreprises est horrible pour identifier correctement les mutations génétiques rares qui pourraient augmenter la probabilité de problèmes de santé comme le cancer. En conséquence, de nombreux utilisateurs pourraient être exposés à une fausse alerte pour leur santé.

Des chercheurs de l’Université d’Exeter au Royaume-Uni se sont penchés sur une méthode de test reposant sur des polymorphismes mononucléotidiques, ou SNP. Les SNP sont une variation individuelle d’un seul nucléotide (le bloc de base de l’ADN et de l’ARN) le long du génome. Les scientifiques ont développé des puces capables de tester de nombreux SNP à la fois, que les entreprises utilisent couramment comme marqueurs pour identifier l’ascendance récente d’une personne ainsi que sa probabilité d’avoir certains traits ou de développer certaines maladies.

Ces minuscules changements sont le type de variation génétique le plus courant qu’une personne puisse avoir, avec plus de 300 millions de SNP découverts à ce jour. Mais certains SNP sont beaucoup plus rares que d’autres. Et selon les auteurs de cette nouvelle étude, publiée lundi dans le BMJ, ces puces ne sont pas si chaudes pour identifier les SNP les plus rares.

Les chercheurs ont analysé les données du UK BioBank, un projet de recherche qui a recueilli des informations génétiques auprès de plus d’un demi-million de résidents dans l’espoir de mieux comprendre la santé publique. Quelque 50000 participants au projet ont tous deux subi des tests SNP et tout leur génome séquencé, ce qui permet aux chercheurs de disposer d’une base de référence pour comparer l’exactitude du premier. Ils ont également comparé les données du Projet de génome personnel, fondée à l’origine à l’Université de Harvard, à partir de 21 volontaires qui ont subi des tests SNP et leur génome séquencé par une société commerciale.

Lorsqu’il s’agissait de repérer des variantes génétiques apparaissant fréquemment, les puces ont fait un excellent travail, avec une précision de plus de 99% lorsqu’elles sont mises en correspondance avec les données de séquençage. Mais plus le SNP qu’ils étaient censés rechercher était rare, plus ils réussissaient à confirmer qu’il était vraiment là. Pour les variantes dont on pense qu’elles apparaissent chez moins d’une personne sur 100000 (0,001%), le taux moyen de faux positifs pour ces tests était de 84%, ce qui signifie qu’il a correctement identifié la variante existant seulement 16% du temps. Et dans 20 des 21 volontaires du Personal Genome Project, les chercheurs ont trouvé au moins un résultat faux positif.

«Bien que les puces SNP soient excellentes pour détecter des variantes génétiques communes, elles n’ont pas été conçues pour tester des variantes rares et il était bien connu dans la communauté de recherche en génétique qu’elles n’étaient pas le bon outil à cette fin», Caroline Wright, auteur principal de l’étude, généticien et professeur de médecine génomique à l’Université d’Exeter, a déclaré à Gizmodo par courrier électronique. Selon les chercheurs, cependant, la leur est la première étude à essayer d’estimer ce manque de précision par rapport à l’étalon-or du séquençage du génome entier.

La recherche de l’équipe ne distingue pas une entreprise en particulier. Mais ils ont dit qu’ils ont vu une tendance croissante des entreprises à utiliser ces puces SNP pour tester des mutations rares pathogènes, y compris celles associées au cancer du sein. Et, sans surprise, il y a eu Cas rapports des consommateurs qui pensaient à tort qu’ils étaient destinés à développer un cancer ou d’autres maladies rares graves en fonction de leurs résultats.

«Nous n’avons examiné aucune entreprise en particulier, mais ce sera un problème que la plupart des entreprises qui proposent des tests ADN directement aux consommateurs devront prendre en compte, car la plupart d’entre elles utilisent la technologie des puces SNP». co-auteur Leigh Jackson, professeur en médecine génomique à Exeter, a déclaré dans un e-mail.

Il existe des garanties qui peuvent être utilisées contre les faux positifs potentiels impliquant des variantes rares, telles que la double vérification des résultats avec un test plus précis. Mais c’est facile pour les clients finissent par se faire berner s’ils téléchargent leurs données vers un tierssites de fête.

«Bien que certaines sociétés de génomique grand public effectuent un séquençage pour valider les résultats importants avant de les communiquer aux consommateurs, la plupart des consommateurs téléchargent également leurs données de puce SNP« brutes »pour une analyse secondaire, et ces données brutes contiennent toujours ces résultats incorrects» Jackson c’est noté.

Autre rechercher a montré que les SNP en général ne sont pas très bons pour prédire la santé future des gens, même lorsque de nombreux marqueurs potentiellement prédictifs sont combinés en un seul score de risque. L’une des raisons est que la plupart des problèmes de santé sont beaucoup plus influencés par que notre génétique. Si les tests basés sur le SNP sont également mauvais pour prédire le type de maladies souvent causées par des variantes génétiques rares, cela devrait encore diminuer leur valeur en tant que diseurs de bonne aventure pour notre santé, du moins lorsqu’ils sont utilisés par eux.moi.

«Nos recherches montrent que, là où des variantes génétiques rares sont détectées, les résultats sont plus susceptibles d’être faux que corrects, et aucune action clinique ne doit être entreprise sans que les résultats soient vérifiés par d’autres moyens », a déclaré Jackson.